水的常規(guī)滅菌處理為投藥與紫外線滅活。例如目前廣泛作為飲料水的純凈水就是經(jīng)反滲透脫鹽后，再經(jīng)紫外線殺菌處理的。小容量用水（小于10t/h），可以使用二氧化氯或臭氧殺菌。工業(yè)上生產(chǎn)中則以氯氣或次氯酸鈉為多見，也可使用二氧化氯或臭氧。外購的氯氣用鋼瓶貯存，用加氯機(jī)投加，電解食鹽（或海水）得到的是次氯酸鈉，無需投加設(shè)備，即可送入被處理水中。
   臭氧用凈化過的空氣經(jīng)高壓放電裝置制取，目前有中小型臭氧發(fā)生器用于小區(qū)供水或中央空調(diào)冷卻水系統(tǒng)的滅菌，同樣適用于反滲透裝置的滅活處理，多余的臭氧同樣可以用活性碳吸收處理。二氧化氯可由氯酸鈉制取，在飲用水處理和工業(yè)冷卻水處理中使用的也很多。氯酸鈉有爆炸危險，應(yīng)謹(jǐn)慎使用。
在反滲透水處理工藝中，除了運轉(zhuǎn)中的殺菌之外，還有設(shè)備停用中的殺菌問題。通常在停機(jī)48h以內(nèi)可用原水沖洗，超過48h可用1.5%亞硫酸氫鈉液保存，達(dá)到2周應(yīng)使用甲醛消毒液殺菌或廠家提供的消毒液滅菌。萬萬不可用市售的84消毒液對膜元件殺菌！